Bakanlığın ana hizmet birimi olarak 4 Mayıs 1989 tarihli resmi gazetede yayımlanan 367 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuştur. Doğrudan Müsteşar Yardımcılığı Makamına bağlı olarak 1 Ağustos 1989 tarihinde çalışmaya başlayan Başkanlık; Avrupa Birliği ile ilişkilerde Bakanlığımızın sorumluluğunda olan görevleri, hükümet program ve hedeflerine uygun ve kalkınma planlarında öngörülen hedeflerine uygun, düzenli, etkili ve verimli bir şekilde yürütmeye çalışmaktadır. 367 sayılı KHK'de belirtilen görev tarifi, "Bakanlığımızın görev ve faaliyet alanına giren konularda, Avrupa Birliği ile ilgili hususların koordinasyonunu sağlamak, Avrupa Birliği ile ilişkilerden sorumlu Devlet Bakanlığının koordinasyon çalışmalarına yardımcı olmak uyum ve uygulama çalışmaları ile ilgili işleri yürütmek" şeklindedir.

02.12.2006 tarih ve 26364 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren Bakanlıklar ve Başbakanlık bağlı kuruluşları Avrupa Birliği Uzman Yardımcılığına giriş ve Avrupa Birliği Uzmanlığı Yeterlik sınavlarının usul ve esasları Hakkında yönetmelik için tıklayınız.